סמואל הנטינגטון הסעיר את המערב כשפסק בעקבות הפיצוץ במגדלי התאומים ב-11 בספטמבר 2001, כי התנגשות בין ציוויליזציות – סותרות, מנוגדות ועוינות זו לזו – מאפיינת את היחסים שבין המערב לאסלאם. אין התנגשות בין ציוויליזציות – שבים, מדגישים ומוכיחים מאמריו של הפרופסור עמנואל סיון שקובצו בספר זה. ההתנגשות היא לעתים עזה ולעתים אף אלימה – סוערת וגועשת – אך היא מתרחשת בתוככי העולם המוסלמי ובעיקר הערבי. הדיה וסימניה של התנגשות זו יובאו למערב בידי מהגרים וגולים והטעו את הנטינגטון והדבקים בהנחותיו. גישה זו נשבתה בגילויי הרטוריקה של אגף קיצוני באסלאם. אגף זה, קובע המחבר, אינה מייצג את האסלאם כולו.
פרקי הספר מנתחים ומבהירים את גילוייה והשלכותיה של התנגשות פנים אסלאמית זו ומאתרים את מקומה ומעמדה בגלי הקנאות האסלאמית שראשיתם בשלהי שנות החמישים ובראשית שנות השישים.
התנגשות בתוך האסלאם משלים ומפתח את מחקריו פורצי הדרך של פרופ' עמנואל סיון בתולדות הקנאות באסלאם; הספר מעדכן ודן בהרחבה בסוגיות שנדונו בשני ספרים האחרים שראו אור ב'ספרית אפקים': קנאי האסלאם (1986); מיתוסים פוליטיים ערביים (1988).
