מנגנון הנפש הוא מעין ״מנוע״ אוניברסלי הטמון בכל אדם ופועל לפי עקרונות זהים. המנגנון מכיל תת־מנגנונים: מנגנון ההקשבה, ההכרה, האינטלקט, הדמיון ועוד. כל אחד מהמנגנונים ספוג בתכנים אישיים ועטוף במעטפת אינדיבידואלית. כלפי חוץ נראית ונתפסת המעטפה כשונה, אך מבפנים, אותם המנגנונים פועלים באופן זהה בכל אדם, בדיוק כפי שדגמי מכוניות שונים במראם החיצוני, אך בכולם פועל המנוע לפי אותם עקרונות.
חוסר בהבנת המנגנונים, או התעלמות מהם, בין אם מתוך בורות או בשוגג, גורם למנגנונים לפעול באופן שאינו תקין. תוצרי הלוואי הם כעס, שנאה, קיבעון, חוסר סבלנות, שלילת האחר. הרס וסבל לאדם ולסביבתו. הבנת המנגנונים מאפשרת את תיקונם ותקינותם, ומשמרת את נפשו של האדם צלולה ופתוחה, מוכנה להיענות לאתגרי החיים.
הספר מחולק לשלושה חלקים:
חלק א: מכלול הנפש
מתאר את מרכיבי מנגנון הנפש ואופן השתלבותם זה בזה לכדי מכלול.
חלק ב: המסע לעבר ההוויה
ממפה תובנות יסוד ומפתחות עיקריים בעבודת הנפש.
חלק ג: אימון גוף-נפש-תבונה
מוריד את תוכן הספר לקרקע המציאות, לאימון יומיומי בפועל.
"מהו אימון גוף-נפש-תבונה
לא ניתן להבין את הזולת ללא הבנת עצמך | הפחד הוא מהאחר, מהשונה, ממה יחשבו אחרים.
עבודתנו היא להבין את מנגנוני הגוף, הנפש והתבונה שבתוכנו, ומתוך הכרות עמוקה עימם, לדעת שכל אלו פועלים באופן זהה לחלוטין גם אצל הזולת.
עבודה זו מפוגגת את הפחד ומבהירה את חוקי המציאות. כל מה שאנו מייחלים לעצמנו, הזולת מייחל לו באותו האופן. לא ניתן לרמוס את כבודו ויחד עם זאת לצפות לכבוד ממנו. לא ניתן לבגוד בו, וגם לצפות ממנו לנאמנות. הדבר סותר את אופן פעולת המנגנונים בתוכו ואין בכוחו לפעול כנגדם, אלא רק בכפוף להם." (מתוך הספר)
בחלק זה מביא המחבר הצעות לאימון אישי, יומיומי, שמטרתו לפתוח את נפש האדם כלפי העולם, בהתמדה, בעדינות ובהדרגתיות לאורך חייו. איכות המודעות, התבונה והאחדות הפנימית גוברת ומביאה למגע טוב יותר עם החיים.