בספר שנות ההשמדה, 1945-1939 משלים פרופ´ שאול פרידלנדר, מגדולי ההיסטוריונים בדורנו, את מפעלו רב התהודה וההשראה על גרמניה הנאצית והיהודים. בכרך הראשון: גרמניה הנאצית והיהודים, שנות הרדיפות, 1939-1933 (ספרית אפקים, 1997) גולל המחבר את התפתחות היחס כלפי היהודים: מן ההתבססות בשלטון ב-1933 ועד לפרוץ המלחמה. עתה הוא מתאר ומפרש את השתלשלות מנגנון הרצח וההשמדה: חודש אחר חודש, מדינה אחר מדינה, בכל אתר ואתר שגרמניה הנאצית השתלטה עליו ויכלה לנהוג בו כרצונה המזוויע והרצחני.
קבלתה ואימוצה של מדיניות ההשמדה היתה כרוכה בשיתוף הפעולה של כוחות מקומיים, בסיוען של ההנהגות הפוליטיות באזורים הכבושים ובאדישותם של האזרחים העומדים מן הצד ומתבוננים בזוועה. והמחבר בוחן ומתאר את תקוותיהם והתנהגותם של הקורבנות ומתייצב מול השאלות הקשות באומץ לב של חוקר והיסטוריון המנסה להבין את מה שנראה ונתפש כלא מובן ומעורר חלחלה.
מחקר רחב יריעה זה חושף את המורכבות, הממדים האדירים וההקשרים הגלויים והנסתרים של פרשה טראגית זו. כקודמו, גם כרך זה מתבסס על מצבור רחב מאוד של עדויות היסטוריות, חלקן חדשות ומחדשות, אך ייחודו בשימוש היחיד במינו שעושה המחבר בעדויותיהם של הנרצחים והמובלים לטבח: מכתבים, כתבי זיכרון, ובעיקר יומנים אותנטיים ומרגשים.
יצירת מופת זו משלבת את המחקר ההיסטורי המעמיק עם קולם של הקורבנות.
ספריו ומאמריו הרבים של פרופ´ שאול פידלנדר העמידו אבני דרך חשובות בהתפתחות חקר השואה. הוא חתן פרס ישראל בהיסטוריה כללית (1983), ועל ספרו שנות ההשמדה, 1939-1945 קיבל את פרס פוליצר היוקרתי לספרות עיון (2008).